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像任何形式的攝影一樣，顯微攝影可以容易地出現各種故障和錯誤，無論顯微鏡設備的復雜程度如何，或是顯微相機的經驗水平和技能。錯誤必須仔細檢查以確定來源，這通常是由于設備故障，樣品準備不良，技術不當或處理錯誤導致的，更不用說奧林巴斯顯微鏡這樣的精密儀器了。
奧林巴斯顯微鏡機械故障產生一方面以因為操作，也有可能是設備本身，但終歸還是要解決的，如何解決奧林巴斯顯微鏡機械故障，上海維翰光電深有研究：
1、聚光器升降機構故障的排除
這部分的主要故障也是自動下滑。排除方法如下：
（１）調整時,一只手用雙眼螺母扳手插入手輪端面上的雙眼螺母內，另一只手用螺絲刀插入另一端的大頭螺釘槽口內，用力旋緊即可制止下滑。
（２）調整時，首先用螺絲刀把雙眼螺母中間的駐螺2退出1～2圈，軸承墊圈3是與駐螺2壓緊配合的，因此，也會跟著它一起退出，并脫離齒桿10的端面。然后，用雙眼螺母扳手把雙眼螺母1向調節座5旋進。同時，用另一只手轉動手輪，進行試驗，直到升降機構松緊合適，又能停留在任意位置上時，才停止雙眼螺母的旋進。后，再把駐螺旋入，使軸承墊圈接觸齒桿10就行了。
這樣調整之所以能夠排除故障，是因為調節座5的內孔是錐形的。錐形軸套4在軸向有槽口。當雙眼螺母1向里旋進時，將錐形套向里頂，使錐形套在前進時，槽口變小，內孔收縮，將齒桿10夾得更緊，加大了齒輪轉動的摩擦阻力，從而制止自動下降。
2、微調部分故障的排除
微調部分常見的故障是卡死與失效。微調部分安裝在儀器內部，其機械零件細小、緊湊，是顯微鏡中精細復雜的部分。微調部分的故障應由專業技術人員進行修理。沒有足夠的把握，不要隨便亂拆。
3、物鏡轉換器故障的排除
物鏡轉換器的主要故障是定位裝置失靈。一般是定位彈簧片損壞（變形、斷裂、失去彈性、彈簧片的固定螺釘松動等）所致,更換新彈簧片時，暫不要把固定螺釘旋緊，先作光軸校正。等合軸以后，再旋緊螺絲。若是內定位式的轉換器，則應旋下轉動盤中央的大頭螺釘，取下轉動盤，才能更換定位彈簧片，光軸校正的方法與前面相同。
4、粗調部分故障的排除
粗調的主要故障是自動下滑或升降時松緊不一。所謂自動下滑是指鏡筒、鏡臂或載物臺靜止在某一位置時，不經調節，在它本身重量的作用下，自動地慢慢落下來的現象。其原因是鏡筒、鏡臂、載物臺本身的重力大于靜摩擦力引起的。解決的辦法是增大靜摩擦力，使之大于鏡筒或鏡臂本身的重力。
對于斜筒及大部分雙目顯微鏡的粗調機構來說，當鏡臂自動下滑時，可用兩手分別握往粗調手輪內側的止滑輪，雙手均按順時針方向用力擰緊，即可制止下滑。如不湊效，則應找專業人員進行修理。
鏡筒自動下滑，往往給人以錯覺，誤認為是齒輪與齒條配合的太松引起的。于是就在齒條下加墊片。這樣，鏡筒的下滑雖然能暫時止住，但卻使齒輪和齒條處于不正常的咬合狀態。運動的結果，使得齒輪和齒條都變形。尤其是墊得不平時，齒條的變形更厲害，結果是一部分咬得緊，一部分咬得松。因此，這種方法不宜采用。
此外，由于粗調機構長久失修，潤滑油干枯，升降時會產生不舒服的感覺，甚至可以聽到機件的摩擦聲。這時，可將機械裝置拆下清洗，上油脂后重新裝配。
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