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尼康顯微鏡是一款用于高端生物科學研究領域的新型倒置顯微鏡，其構造主要分為三部分：機械部分、照明部分和光學部分。
1.機械部分占大半個結構
（1）鏡臂：一端連于鏡柱，一端連于鏡筒，是取放顯微鏡時手握部位。
（2）鏡筒：連在鏡臂的前上方，鏡筒上端裝有目鏡，下端裝有物鏡轉換器。
（3）鏡座：是顯微鏡的底座，用以支持整個鏡體。
（4）鏡柱：是鏡座上面直立的部分，用以連接鏡座和鏡臂。
（5）鏡臺(載物臺)：在鏡筒下方，形狀有方、圓兩種，用以放置玻片標本，中央有一通光孔，我們所用的顯微鏡其鏡臺上裝有玻片標本推進器(推片器)，推進器左側有彈簧夾，用以夾持玻片標本，鏡臺下有推進器調節輪，可使玻片標本作左右、前后方向的移動。
（6）物鏡轉換器(旋轉器)：接于棱鏡殼的下方，可自由轉動，盤上有3－4個圓孔，是安裝物鏡部位，轉動轉換器，可以調換不同倍數的物鏡，當聽到碰叩聲時，方可進行觀察，此時物鏡光軸恰好對準通光孔中心，光路接通。
（7）調節器：是裝在鏡柱上的大小兩種螺旋，調節時使鏡臺作上下方向的移動。
①細調節器(細螺旋)：小螺旋稱細調節器，移動時可使鏡臺緩慢地升降，多在運用高倍鏡時使用，從而得到更清晰的物象，并借以觀察標本的不同層次和不同深度的結構。
②粗調節器(粗螺旋)：大螺旋稱粗調節器，移動時可使鏡臺作快速和較大輻度的升降，所以能迅速調節物鏡和標本之間的距離使物象呈現于視野中，通常在使用低倍鏡時，先用粗調節器迅速找到物象。
2．照明部分由聚光器、反光鏡組成
尼康顯微鏡照明部分由裝在鏡臺下方，包括反光鏡，集光器。
（1）集光器(聚光器)位于鏡臺下方的集光器架上，由聚光鏡和光圈組成，其作用是把光線集中到所要觀察的標本上。
①光圈(虹彩光圈)：在聚光鏡下方，由十幾張金屬薄片組成，其外側伸出一柄，推動它可調節其開孔的大小，以調節光量。
②聚光鏡：由一片或數片透鏡組成，起匯聚光線的作用，加強對標本的照明，并使光線射入物鏡內，鏡柱旁有一調節螺旋，轉動它可升降聚光器，以調節視野中光亮度的強弱。
（2）反光鏡：裝在鏡座上面，可向任意方向轉動，它有平、凹兩面，其作用是將光源光線反射到聚光器上，再經通光孔照明標本，凹面鏡聚光作用強，適于光線較弱的時候使用，平面鏡聚光作用弱，適于光線較強時使用。
3.尼康顯微鏡光學部分分為物鏡與目鏡
（1）物鏡：裝在鏡筒下端的旋轉器上，一般有3－4個物鏡，其中短的刻有“10×”符號的為低倍鏡，較長的刻有“40×”符號的為高倍鏡，長的刻有“100×”符號的為油鏡，此外，在高倍鏡和油鏡上還常加有一圈不同顏色的線，以示區別。
在物鏡上，還有鏡口率(N.A.)的標志，它反應該鏡頭分辨力的大小，其數字越大，表示分辨率越高，顯微鏡的放大倍數是物鏡的放大倍數與目鏡的放大倍數的乘積，如物鏡為10×，目鏡為10×，其放大倍數就為10×10=100。
（2）目鏡：裝在鏡筒的上端，通常備有2－3個，上面刻有5×、10×或15×符號以表示其放大倍數，一般裝的是10×的目鏡。
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